A gestão do general foi marcada pela obediência irrestrita ao presidente Jair Bolsonaro (sem partido), suspeita de omissão diante do colapso da saúde em Manaus e recordes sucessivos de mortes com o aumento da gravidade da pandemia nesta ano de 2021.

Ao contrário de Nelson Teich e Luiz Henrique Mandetta, médicos que deixaram a pasta após discordarem de Bolsonaro sobre a condução da pandemia e sobre o uso de remédios sem eficácia comprovada, como a cloroquina, Pazuello chegou a afirmar que a relação do presidente com a pasta era de "um manda e o outro obedece" (veja mais abaixo).

O militar foi nomeado ministro interino por Bolsonaro em 3 de junho de 2020, embora já estivesse, na ocasião, ocupando o posto havia 20 dias depois que Teich — do qual era secretário-executivo — pediu demissão.

O Brasil tem sido criticado pela lenta vacinação contra a Covid-19: até o momento, o ministério ofereceu doses aos estados e municípios suficientes para vacinar menos de 5% da população. A escassez das doses reflete os poucos contratos que a pasta firmou. Questões políticas (e ideológicas) atrapalharam a aquisição de vacinas já no ano passado.

Em outubro, um dia após Pazuello anunciar protocolo de intenção de compra de 46 milhões da CoronaVac, desenvolvida pelo Instituto Butantan com a Sinovac, Bolsonaro afirmou que o governo federal não iria adquirir "vacina da China". O ministério, então, voltou atrás e disse que "não havia a intenção de compra de vacinas chinesas". Um dia após a confusão, Pazuello participou de uma transmissão ao vivo ao lado do presidente - ambos sem máscara - e afirmou que "um manda e o outro obedece".

A compra da vacina CoronaVac pelo governo federal acabou acontecendo, mas apenas em janeiro.

Iniciada a campanha de vacinação nacional, Pazuello anunciou entregas de doses cada vez menores que a previsão inicial. Em fevereiro, na primeira previsão, o ministério chegou a afirmar que o país receberia 46 milhões de doses em março.

Em 10 de março, o general corrigiu a previsão e informou que o Brasil receberia de 22 a 25 milhões de vacinas ainda neste mês, "podendo chegar a 38 milhões". Contudo, a última previsão divulgada pelo Ministério da Saúde, em 6 de março, informa a entrega de apenas 30 milhões de doses para o mês. Foi a quinta redução feita nas previsões de doses adquiridas pela gestão Pazuello a serem entregues em março.

Outro problema associado à campanha nacional de imunização contra a Covid, conforme o G1 apurou em fevereiro, foi que dezenas de cidades tiveram que suspender ou restringir a aplicação da primeira dose contra a Covid-19 por falta de doses.

Em resposta à interrupção, o ministério mudou a estratégia da campanha em 19 de fevereiro e liberou os municípios aplicarem todas as vacinas recebidas de uma só vez, sem reservar metade do imunizante para a segunda dose. No dia 24 de fevereiro, a pasta mudou mais uma vez a recomendação e orientou os estados a reservarem a segunda dose da CoronaVac apenas.

O Supremo Tribunal Federal (STF) investiga se houve omissão de Pazuello no enfrentamento da pandemia em Manaus. Os hospitais da capital amazonense enfrentaram falta de oxigênio medicinal em janeiro, resultando em mais de 30 mortes por asfixia, segundo o Ministério Público, além da transferência de mais de 500 pacientes para outros estados.

Segundo o procurador-geral da República, Augusto Aras, apesar de ter observado o aumento do número de casos na semana do Natal, o então ministro optou por enviar representantes da pasta a Manaus apenas em 3 de janeiro de 2021, “uma semana depois de ter tomado conhecimento da situação calamitosa em que se encontrava aquela capital”. A conclusão tem como base informações do próprio ministério enviadas em 19 de janeiro à Procuradoria.

Pazuello prestou depoimento à PF em Brasília em 4 de fevereiro. Ele afirmou que não foi informado sobre a falta de oxigênio em Manaus no dia 8 de janeiro, e sim dois dias depois, no dia 10, na véspera da viagem que fez a Manaus. O fornecimento de oxigênio hospitalar entrou em colapso na cidade logo depois, nos dias 14 e 15 de janeiro.

A versão contradiz um documento oficial entregue pela Advocacia-Geral da União (AGU) ao STF, assinado pelo advogado geral, José Levi. Ele afirmou que o Ministério da Saúde ficou sabendo da falta de oxigênio em Manaus no dia 8, pela White Martins.

Em entrevista coletiva no dia 18 de janeiro, o ministro mudou a versão inicial e disse que foi avisado pela empresa fornecedora no dia 8 de janeiro.

Em 28 de fevereiro, o Ministério da Saúde mudou pela terceira vez a data em que admite ter sido informado sobre o colapso no sistema de saúde de Manaus. Em um documento com pedido de retificação enviado ao STF, o ministro afirma que só foi informado no dia 17 de janeiro.

A princípio, o prazo para o STF concluir a investigação vai até este mês de março.

Em maio, com apenas dez dias no cargo de ministro interino, Pazuello já havia mudado o protocolo do Ministério para permitir a prescrição de cloroquina para pacientes com sintomas leves da Covid-19, como queria Jair Bolsonaro. A recomendação do medicamento gerou divergências públicas entre o presidente e os ex-ministros da Saúde Mandetta e Teich.

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Em setembro, aliás, durante a posse de Pazuello como ministro da Saúde, o presidente da República se referiu a si mesmo como "doutor Bolsonaro" e fez propaganda da hidroxicloroquina exibindo uma caixa do medicamento à plateia.

Após assinar o novo protocolo prevendo o uso da cloroquina no tratamento precoce, Pazuello realizou uma compra de 3 toneladas de insumo farmacêutico ativo para o Brasil produzir o medicamento em larga escala. Técnicos do Ministério da Saúde chegaram a emitir um alerta de que a quantidade era demasiada e poderia ficar estocada, sem uso. Mesmo assim, o governo manteve os planos, ignorando orientação, inclusive, da Organização Mundial da Saúde (OMS), que àquela altura já havia anunciado que a cloroquina não tem eficácia comprovada contra a Covid-19 e pode provocar efeitos colaterais.

Em 18 de janeiro deste ano, Pazuello mudou o tom do discurso sobre o tratamento precoce e afirmou que nunca autorizou o Ministério da Saúde a fazer protocolo que indicasse tratamento com cloroquina em casos leves.

"A senhora nunca me viu receitar ou dizer, colocar para as pessoas tomarem este ou aquele remédio. Não aceito a sua posição", respondeu Pazuello a uma repórter em janeiro.

"Temos divulgado desde junho o atendimento precoce. Não confundam atendimento precoce com que remédio tomar. Não coloquem isso errado. Nós incentivamos e orientamos que a pessoa doente procure imediatamente um médico. Que o médico faça o diagnóstico. Esse é o atendimento precoce. Que remédios vai prescrever, isso é foro íntimo do médico com seu paciente. O ministério não tem protocolos com isso, não é missão do ministério definir protocolo", declarou na ocasião.

Porém, no dia anterior, durante transmissão por uma rede social sobre a crise da saúde pública em Manaus — da qual participou ao lado de Bolsonaro — Pazuello apontou a ausência de tratamento precoce como uma das causas da explosão de casos de Covid na capital do Amazonas.

O general do Exército também adotou posturas ambíguas quanto à adoção de medidas sanitárias para conter o avanço da pandemia pelo país.

Ainda em maio, Pazuello foi alertado pelo comitê técnico do ministério que, sem isolamento social efetivo, o país poderia levar até dois anos anos para controlar a pandemia. Ao contrário do alerta, o ministro interino orientou a reabertura das atividades econômicas. Na mesma época, Bolsonaro também defendeu a manutenção dessas atividades. “O governo federal, se depender de nós, estava tudo aberto com isolamento vertical e ponto final”, afirmou o presidente.

Em agosto, quando o Brasil atingiu 100 mil mortes por Covid, o ministro mudou mais uma vez o tom. Ele afirmou que o governo apoiava todas as medidas de municípios e estados contra o coronavírus e citou como exemplo o "afastamento social".

"Medidas preventivas e afastamento social são medidas de gestão dos municípios e estados, e nós apoiamos todas elas, porque quem sabe o que é necessário naquele momento precisa de apoio, e nós apoiamos", declarou Pazuello em 10 de agosto.

Em junho, o Ministério da Saúde decidiu mudar a forma como informava a situação da pandemia: excluiu os dados totais de casos e mortes e passou a divulgar somente os números referentes às últimas 24 horas, o que acaba por revelar números menores. Em 6 de junho, a pasta retirou do seu site oficial os dados acumulados sobre o número de infectados e mortos pela Covid-19.

Além disso, o boletim diário do ministério com a atualização dos dados sobre a pandemia começou a ser divulgado cada vez mais tarde e com menos informações.

Em resposta à decisão de restringir o acesso a dados sobre a pandemia, os veículos G1, O Globo, Extra, O Estado de S.Paulo, Folha de S.Paulo e UOL formaram uma parceria e trabalham, desde então, de forma colaborativa para buscar as informações necessárias nos 26 estados e no Distrito Federal.

O represamento de informações provocou críticas de especialistas e integrantes dos poderes Legislativo e Judiciário, que acusaram o ministério de falta de transparência nos dados. O ministro do STF Alexandre de Moraes atendeu a um pedido feito por partidos políticos na época e determinou que o Ministério retomasse o modelo anterior, divulgando os dados acumulados.

Outro alerta importante do Ministério da Saúde foi ignorado por Pazuello no ano passado: a falta de remédios nas UTIs para tratar os pacientes de Covid-19.

Em reunião no dia 29 de maio, os técnicos do Comitê de Operações de Emergência estavam muito preocupados com os baixos estoques de medicamentos usados para entubar pacientes em UTI, como analgésicos e sedativos. Apesar dos técnicos terem emitido um documento informando o ministro que "267 insumos estavam com risco de desabastecimentos", o alerta foi ignorado.

Em junho, governadores de 23 estados e do DF chegaram a assinar uma carta conjunta pedindo que o Ministério fizesse "uma compra centralizada no mercado nacional ou aquisição, por intermédio da Opas, no mercado internacional". Nesta altura, diversas cidades já estavam sem medicamentos sedativos, analgésicos, relaxantes musculares e de controle da pressão arterial. O Ministério afirmou, porém, que a compra de medicamentos e equipamentos era responsabilidade de estados e municípios.

Agora, em março, cidades do Sul voltam a relatar falta desses medicamentos nas UTI´s.

Em 2021, a gestão de Eduardo Pazuello a frente do Ministério também foi marcada por recordes de mortes diárias pela Covid-19.

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Em 10 de março, no mesmo dia em que o país perdeu 2.349 vidas para a Covid-19 - o maior número de mortes em 24h desde o início da pandemia - Pazuello afirmou, porém, que o sistema de saúde brasileiro "não colapsou, nem vai colapsar", contradizendo as falas de governadores, de que muitos de seus municípios já estão sem leitos de UTI.